房缺的预后差异显著，一般面积较小的房缺会随着年龄的增长而愈合，可以一直没有临床表现。但面积较大者反而会随着年龄的增长，临床症状会逐渐的出现。其中以劳力性呼吸困难为主要表现，还可以包括室性心律失常，或者是心房扑动、心房颤动也可发生，而且症状会逐渐加重。有些病人会因右室慢性容量过大而出现右心衰，表现为体循环淤血甚至持续的紫绀。患者体格检查最典型的征象是肺动脉瓣区第二心音亢进，以及有固定的杂音，可听到胸骨左缘第2-3肋间连续的杂音。这提示因严重的肺动脉高压而出现右向左分流，患者往往已进展到晚期。