1、体格检查：医生根据患者描述进行初步检查，可于上腹触发腹内包块。
2、实验室检查：查血象可有贫血改变及大便隐血试验呈强阳性。
3、X线检查：对胃畸胎瘤的X线检查，应行上消化道钡餐透视检查，可显示胃内有充盈缺损区，大者可占大部分胃体积。肿块边缘光滑，可呈分叶状，无明显的黏膜皱襞破坏，在充盈缺损区内，一般无龛影可见。
4、B超检査：呈现各种声相图，于左上腹横扫可见肿物位于脾、肾之间，边界可清晰显示或不清。肿物可呈多房性分叶状，其内部声相可呈实性、多发性囊性或混合性，还可能有钙化灶显示。
5、CT检查：如果病变巨大，甚至占据腹腔的4/5，则多个脏器受压移位。病变的内部结构紊乱，密度不均，呈混合性密影，亦可由实性和囊性成分组成。
6、胃镜检查：很少应用，仅可观察胃腔内病变的大小及其表面的状况，如出血、糜烂和浅表溃疡等，在直视下进行活检是其优势，但对胃畸胎瘤的诊断帮助不大。
7、病理检查：可通过取肿瘤组织进行组织病理检查来确诊胃畸胎瘤。同时可明确病理类型及分化程度，可指导疾病下一步的治疗，病理检查是本病诊断的金标准。