1、实验室检查：可通过血常规、血生化等检查，了解白细胞及嗜酸性粒细胞水平。检测出患者是否出现外周血嗜酸性粒细胞增多、缺铁性贫血、血清白蛋白降低、血IgE增高、血沉增快等现象。
2、内镜检查：检查患者消化道有无出血、炎症、溃疡等情况，镜下可见是否出现黏膜皱襞粗大、充血、水肿、溃疡或结节。
3、影像学检查：可观察胃肠道有无异常情况。X线钡剂造影可见是否出现黏膜水肿，皱襞增宽，呈结节样充盈缺损，胃肠壁增厚，肠腔狭窄及梗阻；CT检查可发现是否有胃肠壁增厚，肠系膜淋巴结肿大或腹水现象。
4、组织病理学检查：组织学证明胃肠道是否有嗜酸性粒细胞增多或浸润。多采用10％氢氧化钾溶液，可溶解其他细胞成分，提高假丝酵母菌检出率，组织病理学检查可明确诊断本病。