出现肾结石伴肾积水，通常应该先治疗肾结石，肾积水多数会自行缓解。肾结石的治疗方法，要根据结石的大小，以及结石在身体里停留的时间。比较小的结石，停留的时间比较短，可以考虑体外碎石，毕竟创伤比较小，不需要住院，花费也小。
肾结石如果在体内停留时间比较长，通常会和集合系统发生粘连，建议使用输尿管镜手术，对于肾结石通常需要使用软镜。如果结石体积比较大，通常建议使用经皮肾镜的方法，因为输尿管软镜碎石虽然创伤小，但是碎石效率比较低、速度慢。比较大的结石用经皮肾镜，经过皮肤、肌肉、肾脏，打一个通道进入到肾盂当中，将结石击碎吸出，可以方便、快速的处理比较大的肾结石。