肠结核早期病变是可逆的，应强调早期诊断，早期治疗，而且应该坚持规范的药物治疗。肠结核的治疗目的主要是消除症状，改善全身情况，提高生活质量，促进病灶的愈合以及防止并发症。
在药物治疗方面，在抗结核治疗药物，首选药物为异烟肼，而肝病患者可选用不良反应较小的药物如异烟腙、帕司肼等等。利福平对生长菌和静止菌均有较强的抑杀作用，新的利福平类药物，如利福布丁、利福喷丁等，对大多数耐药菌株都有效，常用作为二线药物，或者是联合用药。乙胺丁醇主要作用于生长繁殖期的细菌，对于静止菌没有作用，与其他药物有协同作用。链霉素适用于伴有肝功能减退的结核患者，也是试验性药物治疗的常用药物，主要的不良反应为前庭功能和听觉障碍，病友口中的四肢麻木、肾损害等等。多数抗结核药物对肝功能有一定的损害，因此在抗结核治疗的同时要注意护肝治疗。
营养支持方面，要注重全身的营养支持，活动期需要卧床休息，而且改善营养，以提高患者的抗病能力，应适当补充维生素AD和钙剂，以及给予白蛋白、氨基酸等输入。大多数肠结核患者经过非手术治疗可以治愈，手术仅限于完全性肠梗阻、慢性肠穿孔形成肠瘘或者是周围脓肿的病人，也可以在急性肠穿孔或肠道内大量出血，经积极治疗没有效果的患者，术后还应该坚持常规的抗结核治疗一年。
