严重的植物神经功能紊乱可能要做一些相关的检查，针对病因进行治疗，再给予药物进行对症治疗，调整自己的情绪，还有生活习惯、睡眠习惯和饮食习惯，通常情况通过综合的治疗方法可以改善症状。
如果是更年期综合征引起，可以通过补充雌激素改善症状，再给予睡眠障碍的药物，如思诺思、舒乐安定等，还可以用5-羟色胺再摄取抑制剂，有氟西汀、帕罗西汀、舍曲林、西酞普兰，以及去甲肾上腺素再摄取抑制剂，如米氮平、文拉法辛，可以改善躯体的症状和睡眠，还有因为植物神经功能紊乱造成的面色潮红、多汗等症状。