边缘性脑炎目前是没有有效办法去治疗的，一部分病人可以不经治疗自己缓解，而大部分病人是需要治疗去改善症状的。目前现阶段的治疗手段主要有两个：一个是针对原发肿瘤的切除，辅以一些放、化疗治疗。另一个是免疫治疗，包括应用一些糖皮质激素、免疫抑制剂或者血浆置换等等。边缘性脑炎病人合并有小细胞肺癌，小部分病人可合并睾丸癌、乳腺癌、胸腺瘤等，而在一些年轻女性患者中，可合并有卵巢的畸胎瘤，检查脑脊液抗NMDA受体是阳性，称为抗NMDAR脑炎，这种脑炎是需要手术切除畸胎瘤的。免疫治疗主要是给予大剂量的糖皮质激素，和免疫抑制剂冲击治疗，然后根据症状可逐渐减少激素的用量，以至小剂量激素长期维持。除此之外还应给予控制癫痫发作、抗焦虑和抑郁、抗精神症状等治疗手段。