连花清瘟胶囊没有明确的服药时间规定，说明服药时间对药效影响不大，饭前吃或者饭后吃都可以，从最佳服药时间的角度考虑，可以具体问题具体分析。饭前服药的优点，是可以减少食物对药物吸收的影响，提高药物的生物利用度，更好的发挥药效。
连花清瘟胶囊上市后的不良反应报告显示，此药可以引起少数患者出现恶心、上腹不适等胃肠道不良反应。饭后服药会降低药物不良反应的发生率，平素脾胃功能较差的患者，饭后服药可以起到保护胃肠道黏膜的作用。此药属于非处方药，按照说明书推荐的剂量和疗程使用，是比较安全的，不可擅自超说明书用药。