真菌引起的灰指甲下治疗主要是给予抗真菌的药物，如果对指甲的损伤较小，没有超过二分之一，而且都是发生在远端，外用药物控制就是可以，比如用温水泡指甲后，然后去除表面的病甲，给予联苯苄唑、利拉萘酯或者特比萘芬、碘伏溶液等。如果对于指甲的损害较多，超过二分之一，同时甲的近端遭到破坏，建议最好是口服抗真菌的药物治疗，比如伊曲康唑、特比萘芬、氟康唑等，口服抗真菌药物治疗一定要足疗程，手部都需要在3个月以上，足部需要在4个月以上，还可以配合使用渗透性较好的涂抹剂，比如阿莫罗芬涂膜剂。