长期肾积水可能会导致肾脏功能损伤、肾皮质变薄、肾单位损伤，故会有一定后遗症。但如果及时找到肾积水的原因，把积水的原因解除之后，短期之内肾功能可以得到一定程度的恢复。
有些肾积水若时间太长，并且积水较重，可能肾脏功能不能完全恢复，而且积水状态可能也会长期存在，以上就是可能出现的后遗症。所以，一旦出现肾脏积水，要及时查明原因，并解除病因，给予及早治疗，从而达到较好的预后。