直肠脱垂最佳治疗方法，主要是根据直肠脱垂轻重以及程度而采取不同的治疗。对于轻度的直肠脱垂，仅有解大便后直肠黏膜脱出肛门外，可自行回纳且没有明显的肛门坠胀不适、疼痛，以及大便带血的症状，此时可采取保持大便的湿软和通畅的方法加以处理即可，还可肛门内纳入太宁栓等方法，以消炎、消痛。
对于重度的直肠脱垂，伴有明显的肛门坠胀不适，大便里急后重，以及反复发生的大便带血的症状和解大便困难。此时则需行手术治疗，手术主要采取直肠黏膜切除术、直肠部分切除术、直肠悬吊术等方法加以处理。