非淋球菌性尿道炎在治疗上主要以大环内酯类抗生素为主，治疗费用如果用国产的药物，一般是几十元，进口药物是100-200元不等。常用的药物有米诺环素，又称美满霉素，还有阿奇霉素、红霉素、罗红霉素、地红霉素。当然，左氧氟沙星、莫西沙星这些喹诺酮类药物，对于非淋球菌性尿道炎也有很好的治疗作用。
一般是不需要输液治疗的，大多数人疗程1-2周即可，如果有耐药菌感染者，疗程应该适当延长，中间要做细菌培养，根据药敏结果来更换抗生素。由于疗程延长，费用可能会有适当的增加，但是也不会增加很多。以药费最高的进口莫西沙星为例，如果治疗两周的疗程，需要的费用大约是300-400元。