放射性碘治疗甲亢，最常见的并发症是甲状腺功能减退症。但是这个并发症是患者最不需要担心的并发症，因为放射性碘治疗对于甲亢的患者，在治疗以后医生会让患者定期的随访甲状腺功能，一旦出现甲状腺功能减退症，专科医生会给予药物及时进行治疗。
通常在左甲状腺素钠的药物替代治疗以后，患者的甲状腺功能又会恢复到正常水平，所以对于放射性碘治疗出现的甲状腺功能减退症的并发症，不要过度担心。要警惕的是发病率不高，但是比较凶险的放射性甲状腺炎，以及重症甲亢、甲亢危象状态。因为放射性碘治疗以后，患者的甲状腺激素水平短期之内会迅速增高，有些患者会出现难以耐受的情况，这个时候如果出现了不适情况，应该紧急前往医院进行抢救。