先天性免疫力缺陷克罗恩病的治疗，主要通过保守治疗的方式为主，必要时采取手术治疗的方式，而保守治疗主要是有一些控制炎症反应的，尤其是急性期，主要的药物大体分为以下五类：
第一、氨基水杨酸类的制剂，主要有硫氮磺胺氯啶和美沙拉嗪两种，一般情况下轻度的选择柳氮磺胺类。如果相对重一点或者是回结肠型，适用于美沙拉嗪效果更好一些。
第二、糖皮质激素类的药物，这类药物适用于比较重型的患者。
第三、免疫抑制剂。
第四、抗菌的药物。
第五、一些生物制剂，比如英夫利昔单抗等。如果保守治疗效果不明显或者出现了严重的并发症，建议及时的手术治疗。