膀胱结石的治疗应当遵循两个原则，一个是取出结石，另外一个是去除结石形成的原因，一般直径<0.6cm，表面光滑，无下尿路梗阻的膀胱结石可自行排出体外，绝大多数的膀胱结石均需行外科治疗，方法包括体外冲击波碎石、内镜手术和开放性手术。
体外冲击波碎石主要是用于小儿的膀胱结石，因为小儿膀胱结石多为原发性结石，可首选体外冲击波碎石，成人的原发膀胱结石<3cm也可以采用体外冲击波碎石。内镜手术是目前治疗膀胱结石的主要方法，可以同时处理下尿路梗阻的病变，如前列腺增生、尿道狭窄、先天性后尿道瓣膜等，也可以同时去除膀胱异物。目前采用经尿道碎石方式，包括机械碎石、液电碎石、气压弹道碎石、超声碎石、激光碎石等，开放性的手术目前应用的比较少，不作为膀胱结石的常规治疗办法，仅适用于需要同时处理膀胱内其他病变的时候使用。