新生儿若确诊为双侧先天性后鼻孔闭锁，应按急诊处理，保持经口呼吸道通畅，加强营养，预防感染，为手术矫治创造条件。若确诊为单侧先天性后鼻孔闭锁，无须急诊手术，可待几个月后鼻腔发育后实施后鼻孔闭锁成形术。
一、急症治疗
当婴儿出现室息时，要迅速开放其呼吸道。然后取一橡皮奶嘴，使其顶端扩大，置于婴儿口内，系于头部固定，以利经口呼吸，或用一小号口咽通气管代替之。
二、药物治疗
先天性后鼻孔闭锁无需药物治疗。
三、手术治疗
两岁以上的患者需要用手术的方法切除体内的闭锁间隔，可以根据患者的具体年龄产生的症状以及严重程度来制定专门的手术方案。先天性后鼻孔闭锁手术方式多种多样，分别包括经鼻腔、经腭、经鼻中隔和经上颌窦途径，其中以前面两种方法较为实用。但目前最佳方法是在鼻内镜下进行手术，鼻内镜下行后鼻孔闭锁修复术，视野比较清晰，可以双侧同时手术，这种手术方法适用于任何年龄的患者。