侵蚀性葡萄胎的处理方式主要是化学药物治疗，化疗方案通常跟绒毛膜癌所采用的化疗方案是一致的。
对于侵蚀性葡萄胎的患者，可以采用 5氟尿嘧啶、甲氨蝶呤、更生霉素、环磷酰胺、消瘤芥、阿霉素、顺铂或足叶乙甙等药物来进行化疗。
可以将这些药物以一种、两种或三种的联合方式进行组合，形成不同的化疗方案，来治疗侵蚀性葡萄胎，无论是侵蚀性葡萄胎还是绒毛膜癌的治疗，都应该以化疗为主。
对于年轻的患者尤其是未生育的患者，尽可能不切除子宫，保留生育功能，大多数患者通过化学药物治疗，可以获得治愈的效果，如果患者的病灶局限在子宫而化疗无效，也可以进行子宫的切除手术。