柴胡加龙骨牡蛎汤的主要功效是和解清热、镇惊安神，这个方子里面的柴胡、桂枝、黄芩，有和里解外的作用，可以治疗寒热往来、身体困重。龙骨、牡蛎和铅丹都是重症安神的药物，可以治疗烦躁、惊狂，半夏、生姜这两味药是和胃降腻的，大黄可以解里热、和胃气，茯苓可以安心神、利小便，人参和大枣可以益气养颜、扶正驱邪，所以这一些药加起来就共同起到和解清热、镇惊安神的功效。
在临床上可以治疗的病症有很多，比如高血压、抑郁症、精神疾病、帕金森病、老年痴呆症等。特别是在用在气血都往上的中风方面，有很好的治疗作用。