肝内胆管结石如果发展严重，会反复的出现胆道感染，患者会出现寒战、发热、腹痛、黄疸等症状，长期的感染发作肝内大量的结石会导致肝脏出现异常的改变，如肝脏的萎缩、肝内脓肿等，并且严重的情况下还会发展出肝内胆管癌的可能性。
当肝内胆管结石引起反复的感染的症状或者引起肝脏的器质性改变，则建议要早期的手术治疗，手术治疗包含着取净结石，切除病灶，防止复发，通畅引流等，主要目的是将肝脏有病变的给予完整的切除，并取尽肝内的结石，能够有效减少将来胆管癌发生的概率，并且能够预防结石的再次复发。