HPV有100多个亚型，其中有40多种可以感染肛门生殖器区域，90%的尖锐湿疣是由低危型HPV5和HPV11型引起。有时尖锐湿疣也存在着低危型和高危型HPV的混合感染，有数据显示31%的尖锐湿疣皮损中存在着高危型HPV，例如HPV16、HPV18、HPV52和HPV56型。另外，HPV16和HPV18型等高危型还可能与宫颈细胞异常增生有关。
HPV感染在人群当中普遍，不同亚型与不同的疾病相关，大多数生殖器的HPV感染具有自愈倾向，即能够自行清除，不引起相关疾病。当HPV感染不能清除时，就可能会发展为尖锐湿疣等疾病，部分HPV与发生癌症的风险增高有关，称之为高危型HPV。