1、血常规、血沉、C反应蛋白：贫血、白细胞数增加、血沉加快及C反应蛋白增高均提示溃疡性结肠炎处于活动期。怀疑合并巨细胞病毒感染时，可行血清CMV-IgM及DNA检测。
2、粪便常规及病原学检查：肉眼观查有黏液脓血，显微镜检见红细胞和白细胞，粪钙卫蛋白增高提示肠黏膜炎症处于活动期，应注意通过粪便病原学检查，排除感染性结肠炎，怀疑合并艰难梭状杆菌感染时可通过培养、毒素检测及PCR等方法证实。
3、内镜检查：结肠镜是炎症性肠病诊断与鉴别诊断的最重要手段之一，必要时取活检。结肠镜也是克罗恩病常规首选检查，镜检应达末端回肠。镜下一般表现为节段性、非对称性的黏膜炎症，其中具有特征性的表现为非连续性病变、纵行溃疡和卵石样外观。胶囊内镜适用于怀疑小肠克罗恩病者，小肠镜适用于病变局限于小肠，其他检查手段无法诊断，特别是需要取组织学活检者。
4、X线钡剂灌肠：钡剂灌肠不作为首选检查手段，可作为结肠镜检查有禁忌证或不能完成全结肠检查时的补充。
5、黏膜病理：UC活动期时黏膜组织中大量中性粒细胞、嗜酸性粒细胞和慢性炎细胞浸润，隐窝炎和脓肿形成，黏膜中杯状细胞减少，表层糜烂、溃疡形成和肉芽组织增生，缓解期中性粒细胞消失，隐窝结构紊乱，腺上皮和黏膜肌层间隙增宽，潘氏细胞化生。CD改变包括裂隙状溃疡和阿弗他溃疡、非干酪样性肉芽肿、固有膜炎性细胞浸润，黏膜下层增宽，淋巴细胞聚集、淋巴管扩张，而隐窝结构大多正常，杯状细胞不减少。手术切除的肠段可见穿透性炎症、肠壁水肿、纤维化以及系膜脂肪包绕，局部淋巴结有肉芽肿形成。非干酪性肉芽肿是诊断CD的主要标准之一，但活检标本中该病变发现率仅15%~36%。
6、腹部平片：可见肠袢扩张和肠外块影，当横结肠肠腔直径>5cm,应疑诊中毒性巨结肠。
7、CT和MRI：CT及MRI扫描速度快，减少肠腔蠕动和呼吸运动的伪影，重建和后处理功能提高了对肠道病变的诊断能力。不仅可以显示肠腔黏膜病变，也可对肠壁厚度进行测量(>6mm有意义)，显示肠壁及肠腔外病变，发现其他疾病的表现(系膜脂肪、瘘管、脓肿、狭窄)，静脉内注射造影剂后肠壁的分层强化，表现为“双晕征”提示黏膜下层水肿。肠系膜血管增多、扩张、扭曲，“木梳征”等提示肠腔周围的充血和肠壁的炎症。CD肠黏膜溃疡和肠壁增厚以肠系膜侧为重，称偏心性增厚，随着病情发展，对侧肠璧也明显增厚。MRI是诊断CD复杂性瘘管和脓肿的重要手段，并能评价肛门内外括约肌的完整性。由于MRI无电离辐射，特别是对年轻及儿童患者，更适合作为长期随访手段。