主动脉口狭窄的病因尚不明确，可能与先天性发育异常有关，常在婴幼儿时期发病，暂无明确诱发因素。
1、主动脉瓣狭窄：一部分主动脉瓣口狭窄病例的发病原因与胎儿期左、右心室排血量严重失平衡有关。在正常情况下，从下腔静脉回流入右心房的血液经卵圆孔进入左心房，再经左心室排出。从上腔静脉回流入右心房的血液经右心室排人肺动脉后，大部分经动脉导管进入降主动脉，仅小部分进入肺循环。如胎儿期卵圆孔小，血流阻力高，则从下腔静脉回流人右心房的血液大量进入右心室，致使左心室排血量显著减少，影响二尖瓣、左心室、主动脉和升主动脉的正常生长发育。
2、主动脉瓣下狭窄：主动脉瓣下狭窄的确切病因不明确，考虑为多因素造成，包括主动脉室间隔连接扭转、切应力上升、遗传因素和细胞增殖因素等。
3、主动脉瓣上狭窄：最为少见，具体病因不明确，30%~50%瓣上狭窄病例可伴有智力发育迟钝。