上颌窦牙源性囊肿的病因主要包括发育性因素和炎症性因素，其中含牙囊肿与牙齿发育缺陷有关，未萌出的牙齿刺激牙槽骨中的成釉细胞使之增殖而形成囊肿；而牙根囊肿起因于牙根感染、牙髓坏死进而形成的根尖周肉芽肿或脓肿。
1、发育性因素：含牙囊肿的发生与牙齿发育的缺陷有关，往往发现有未长出的恒齿或额外齿。此种不长出的牙齿在牙槽骨中，如同异物一般，刺激成釉细胞增殖和分泌，从而形成囊肿。
2、炎症性因素：牙根囊肿起因于牙根感染、牙髓坏死，进而根尖周形成肉芽肿或脓肿，在慢性炎症的刺激下，牙周腔上皮细胞增殖并长入肉芽肿或脓肿中，成为衬里的囊肿内膜。