肺部肉芽肿一般多见于结核性改变和自身免疫性疾病，如果肺部肉芽肿呈单个生长，可以给予经皮肺穿刺，进一步确诊其病理属性。如果是良性改变，可以继续观察。如果呈结核性肉芽肿改变或者早期肿瘤样变化，需要做胸部增强CT，请胸外科医生进行早期手术切除治疗。
如果肺部肉芽肿呈双肺多发，就不具备手术指征，多为自身免疫性疾病，如系统性红斑狼疮、韦格纳肉芽肿等引起。这样的肉芽肿只需要给予药物治疗，主要是激素、免疫抑制剂等，药物治疗时间一般较长，为一年或者多年。这类肉芽肿一般不会轻易消失，根据治疗情况看控制的程度，需要动态随访胸部高分辨CT，没有外科手术指征。