睡眠抽动症的治疗要首先纠正睡眠习惯，改善睡眠时间和睡眠质量，可以改善睡眠抽动症这种生理现象。还有一些是因为病理性因素所造成，如电解质紊乱、低血糖或者大脑缺血缺氧，可以通过改善电解质紊乱、低血糖和大脑缺血缺氧而得到治疗。
还有的是因为癫痫发作引起的抽动症状，需要做脑电图明确诊断，针对癫痫发作类型给予抗癫痫药物治疗可以改善。还有一种是进行性肌痉挛，在睡眠当中会表现得比较明显，是因为基因突变引起的疾病，只能通过药物对症治疗，而且会进行性加重。