腱鞘囊肿最彻底的治疗方法是进行手术切除，腱鞘囊肿基本上都发生在手背和脚背，手和脚的关节腔积液经过关节囊的薄弱区，渗透到皮肤下方形成囊性肿物。
腱鞘囊肿内的内容物就是液性骨质、液性结构，与关节腔是相通的，也不会长得太大，如果有关节酸痛不适或者由于外型突出影响美观，可以手术治疗进行切除，是最彻底的方法。
手术可以将囊肿完整切下，同时对于关节背侧的薄弱关节囊进行加强缝合，这样可以彻底封闭关节腔液体进入到皮下的通道，以后就不能复发。
手术切除的复发率是最低的，唯一的缺点是需要麻醉和手术，手术后会在局部留下疤痕。
另一种简单的方法，是在囊肿比较大、比较坚硬的时候用手挤碎，多数也不再复发，但有少数会出现复发的情况。