肾盂肾炎的治疗应该选用在尿液及血液中均有较高浓度的抗菌药物，对于轻中度患者，可以口服给药。
对于发热超过38.5℃，伴有肋脊角压痛、血白细胞升高或出现严重的全身中毒症状，疑似有败血症的患者，应该先给予静脉滴注给药。
在退热三天后，可以考虑改用口服抗菌药物，总疗程为两周。选用的抗菌药物可以有喹诺酮类药物，第二代或第三代头孢菌素等。
如果治疗两周后，患者的尿培养仍为阳性，此时应参考药敏试验，选用有效的和强有力的抗生素，治疗4-6周，治疗原则是控制或预防全身败血症的发生，消灭侵入的致病菌，并预防再发。