临床上常使用姑息性手术、心室排外手术、心室分隔术来治疗单心室，患者病情不同使用的手术方式也不同。姑息性手术有体-肺动脉分流术、肺动脉环束术、上腔静脉-肺动脉吻合术，体-肺动脉分流术可使肺血流量增加，从而改善患者心悸、胸闷等；肺动脉环束术可减少患者肺血量改善症状；上腔静脉-肺动脉吻合术也可有效改善症状，这个手术还有个明显的优点，即不会增加心脏负荷，但是以上手术均可使肺血管畸形。心室排外手术通过改变血流方向减轻心脏负担，心室分隔术是使用人造纤维织物，将单一的心室分成两部分，恢复患者的心脏结构，但是手术复杂、风险高。