皮下囊肿的病因包括皮脂腺排出受阻、遗传、局部损伤。
1、皮脂腺排出受阻：由灰尘堵塞及细菌感染，导致皮脂腺导管阻塞，皮脂腺排泄障碍，主要见于皮脂腺囊肿。
2、遗传：毛根鞘囊肿病因及发病机制不明，多数学者认为此病是常染色体显性遗传病。
3、局部损伤：表皮囊肿可由胚胎性异位，或因皮肤损伤（外伤、手术操作等）原因致表皮细胞植入皮下。