卵巢囊肿分为生理性囊肿和病理性囊肿，如果是生理性囊肿，一般不会有什么危害，如果是病理性囊肿，有可能会影响卵巢功能，进而影响怀孕等。有的人不管生理性囊肿还是病理性囊肿，都有可能出现卵巢囊肿并发症，如蒂扭转，就是卵巢囊肿的根部血管和韧带发生了扭转，进而导致急性腹痛，另外卵巢囊肿破裂，尤其是生理性囊肿黄体破裂，这种情况下会危害到患者健康，如急性腹痛、腹腔内出血。
所以卵巢囊肿的危害肯定还是有的，先鉴别是生理性或病理性的，另外就是观察症状，鉴别生理性囊肿和病理性囊肿的方法是等一次月经，月经干净之后复查B超囊肿消失，那么就是生理性的，如果月经干净之后囊肿还持续存在，大小变化不大，那有可能是病理性的。一般需要连续复查三个月，就是每个月都要检查卵巢囊肿是否存在，连续三个月在月经干净之后检查囊肿都存在，是真正的病理性囊肿，必要时需要进行手术治疗。