引起妊娠期甲状腺功能减退的原因非常多，碘充足地区慢性自身免疫性甲状腺炎，其中最常见的是桥本甲状腺炎，是妊娠期甲状腺功能减退最常见的病因。在世界范围内最常见、最重要的病因仍然是碘缺乏，受影响的人口达到12亿。其他导致妊娠期甲状腺功能减退的病因，还有甲亢手术后、放射性碘治疗。
妊娠期甲亢时抗甲状腺的药物也有可能应用过量，造成妊娠期甲状腺功能减退。妊娠期甲状腺功能减退可以造成各种严重的围产期并发症，比如流产率增加、贫血、妊娠期高血压、胎盘早剥、产后出血，妊娠期甲减有可能造成后代智力受影响。明确诊断后，如果是缺碘所引起，适当补充点，但最重要的并不是针对病因，而是使用左甲状腺激素替代治疗。