药流流干净的判断标准是在吃药的第三天胚胎组织排出的过程中，可以看一下是否有完整的绒毛组织排出，药物流产之后的出血一般是10天干净，药物流产如果出血10天左右停止，而且后面也没有再继续出血，这种情形认为就是流干净了，必要的时候也可以做B超检查看流干净没有。药流后如果出血持续时间大于14天，就高度怀疑药物流产没有流干净，做经阴道的超声可以看宫腔内有没有残留物，如果有的话就需要再次清宫。