一般肛瘘长在肛管和肛门附近，肛瘘是最常见的肛门病之一，大部分都是由肛周脓肿破溃后，缓慢发展而来。肛瘘是一种肛周化脓性感染性疾病，一旦确诊，就应该尽早手术治疗。
肛瘘一般可以分为三个部分，也就是内口、外口、瘘管，内口往往都在肛管附近的齿状线处，瘘管一般在肛门周围的内外括约肌之间走行，外口通常是开口于肛管、肛周2cm附近。当然，凡事都有特殊性，如果是高位复杂性肛瘘，肛瘘长的位置就要用直肠核磁、肛周三维超声具体进行定位，不能简单描述。