肾盂肾炎最常见的致病菌不是链球菌，而导致肾盂肾炎最常见的致病菌是革兰氏阴性杆菌，主要有大肠埃希菌，可以占到60%-80%，其次为变形杆菌、绿脓杆菌等。
当糖尿病患者以及合并有复杂性的尿路感染的病人，也可以有产气杆菌导致的气肿性肾盂肾炎。而由于身体其他部位的感染症合并了肾盂肾炎时，可以出现金黄色葡萄球菌感染，个别患者肾盂肾炎可以由真菌、滴虫等引起。