肛乳头瘤与直肠癌有着明显的本质上的区别，肛乳头瘤多数是良性肿瘤，不会危及生命，而直肠癌多数是直肠息肉或者家族遗传性息肉、溃疡性结肠炎最终演变的，如果不及时采取手术治疗方案，可能会发生远处的转移、复发进而危及生命。另外，肛乳头瘤是临床上非常常见的一类疾病，多数发生在青壮年，认为很少脱出肛门外，都是感染或者反复的肠道刺激导致的，而直肠癌多数是在各种环境因素或者遗传因素的作用下导致的恶性肿瘤，而且治疗的效果跟直肠癌的病理分期有密切关系，早期直肠癌能够达到治愈的程度，而中晚期的生存时间相对比较短，而肛乳头瘤只要没有特殊的症状就可以保守治疗，对于有症状的肛乳头瘤可以进行手术切除，治愈率比直肠癌要高很多。