儿童过敏性结膜炎的病因复杂，发病机制不一样。花粉、隐形眼镜及其清洗液等均可引起儿童速发型过敏性结膜炎，睫状肌麻痹剂阿托品、缩瞳剂毛果芸香等药物或遗传因素可引起儿童迟发型过敏性结膜炎。
一、主要病因
1、儿童速发型过敏性结膜炎：儿童速发型过敏性结膜炎常见过敏原是花粉、隐形眼镜及其清洗液等。
2、儿童迟发型过敏性结膜炎：
（1）药物：儿童迟发型过敏性结膜炎常见过敏原是睫状肌麻痹剂阿托品、缩瞳剂毛果芸香、氨基糖苷类抗生素、抗病毒药物碘苷等滴眼液，防腐剂硫柳汞和已二胺四醋酸等。
（2）遗传：大多数学者认为过敏性结膜炎可能是一种多基因遗传病，研究指出患者lgE水平增高可能受控于第11对染色体上的显性基因，而在第6对染色体上的HLA区域附近也存在着对某种变应原起免疫应答基因。
二、诱发因素
机体抵抗力差、体质虚弱者、环境污染均可能诱发儿童过敏性结膜炎的发生。