遗粪症的原因很多，包括学校、家庭、教育和心理因素等，是多种诱因互相影响，相互作用的结果。它的发生可能和神经系统发育迟缓、教育不当，儿童的焦虑、惊恐等情绪，或对家长的“反抗”情绪有关。
1、神经系统发育迟缓：儿童神经系统发育迟缓，不仅排便功能发育延迟，还常伴有其他功能落后，如语言、学习功能障碍，注意力不集中，多动等。此情况多见于继发性遗粪症患儿，因故致使的神经系统发育迟缓。
2、教育不当：父母因过分溺爱而没有从小教育训练孩子自主排便。
3、儿童的情绪（心理因素）：
（1）强烈的精神刺激会抑制儿童大脑皮质的排便中枢，使其不能完成正常的排便流程，失去对肛门括约肌的控制。如果在儿童形成排便习惯的关键时期遭到精神创伤，如父母上班把孩子关在家，或强行送至幼儿园，及双亲离婚等导致的焦虑、惊恐等情绪，将影响习惯的形成，引起遗粪症。
（2）父母管教过严，对儿童大小便的控制和干涉过多，引起儿童的“反抗”情绪，实际上是对父母不满的一种宣泄。这类儿童一般较为内向，即使已发生遗粪现象也不愿意承认。且即使算作有意的行为，通常也难以自控。