亚急性心内膜炎选择抗生素，要根据致病菌培养结果或对抗生素的敏感性，应用抗生素的原则具体如下：
一、选用杀菌剂，如青霉素、链霉素、先锋霉素、万古霉素等等。
二、剂量要大，按体外杀菌浓度的4-8倍给药，若做杀菌滴价测定，以患者血清二乘积稀释加入血培养出来细菌，如1:8或更高地价无菌生长，表示抗生素有效和剂量已足。
三、疗程要够，一般需4-6周，对抗生素敏感性差的细菌，或有并发症的顽固病例，可延长至8周。
四、尽早治疗，在连续血培养4-6次后，即开始试验治疗，根据临床特点及可能的感染途径，致病菌可选用两种不同抗菌谱的抗生素联合应用。