先天性肥厚型心肌病的治疗旨在改善症状，减少合并症和预防猝死，其方法是通过减轻流出道梗阻，改善心室顺应性，防止血栓栓塞事件，识别高危猝死病人。治疗需要个体化：1、药物治疗，首先要减轻左心室流出道梗阻，β受体阻滞剂是治疗梗阻性肥厚型心肌病的一线用药治疗。2、针对心力衰竭进行治疗，疾病后期可以出现左心室扩大，慢性心功能不全的表现。治疗药物的选择与其他原因引起的心力衰竭相同；再次针对房颤进行治疗，除非禁忌一般需要口服抗凝药物，胺碘酮能减少阵发性房颤的发作。3、非药物治疗，主要包括手术治疗、酒精室间隔消融术、起搏治疗，必要时预防猝死风险可以应用ICD。