沙眼衣原体DNA阳性并不是正常现象，这种结果显示人体有沙眼衣原体的感染。沙眼衣原体感染人体后，除了可以导致沙眼及包涵体性结膜炎外，还可引起泌尿生殖道感染、性病淋巴肉芽肿等。尤其是女性感染沙眼衣原体后，在分娩时可经产道将衣原体传播给胎儿，导致胎儿出现结膜炎和肺炎等。所以如果发现有沙眼衣原体DNA阳性的情况，必需及时进行治疗（同时也要治疗性伴侣），可选择的药物有阿奇霉素、强力霉素、红霉素碱、氧氟沙星等。