小肠吸收不良综合征主要表现为腹泻及其他胃肠道症状、营养缺乏症状、维生素及电解质缺乏症状，继发性小肠吸收不良综合还具有原发病表现。严重患者可能并发营养不良、维生素缺乏症、水和电解质紊乱等疾病。
一、典型症状
1、营养缺乏症状：腹泻发生后，由于蛋白质丢失及热能供应不足，患者逐渐感到乏力、消瘦、体质量减轻，可出现贫血、下肢浮肿、低蛋白血症。
2、维生素及电解质缺乏症状：可出现不同程度的各种维生素缺乏或电解质不足的症状。如维生素D及钙的吸收障碍，可导致骨痛、手足搐搦、甚至病理性骨折；维生素B族吸收不良可出现舌炎、口角炎、周围神经炎等；维生素B12叶酸及铁吸收不良可引起贫血；钾离子补充不足可出现无力加重、软弱、生理少尿、夜尿等。
二、其他症状
继发性小肠吸收不良综合征除上述吸收不良表现外，还具有原发病表现，例如甲状腺功能亢进引起的继发性吸收不良综合征，通常还会伴有体重减少、怕热出汗、心悸等症状。