奥美拉唑可以分泌入乳汁，但尚无对母乳喂养婴儿或对泌乳量影响的临床研究数据。
临床使用时考虑母乳喂养对婴幼儿发育、健康影响的同时，应衡量母亲对该药物的临床需求，以及母体基础疾病对母乳喂养婴幼儿的潜在不利影响，只有获益大于潜在风险时，才可以使用该药物。在所有质子泵抑制剂中，相对奥美拉唑是应用范围较广、安全性较好的药物。