直肠炎主要根据不同的原因，来决定不同的治疗方案。急性直肠炎主要是细菌感染、病毒感染或者寄生虫感染而导致的。细菌感染可以用抗生素。病毒感染，往往注意饮食休息，有自愈的倾向。
如果是寄生虫感染，这种往往伴有旅游史，这种情况下有可能需要及时到医院就诊，明确具体的寄生虫，从而才能有效的治疗。
急性直肠炎除了感染以外还有非感染的原因，比如食物不耐受，或者是食物过敏反应，这时候主要是对症，比如腹泻，可以用一些微生态制剂或者调节肠道功能的药，比如匹维溴胺来缓解症状。
当然除了急性直肠炎以外还有慢性直肠炎，最常见的就是溃疡性结肠炎的直肠型，它主要表现的是整个直肠黏膜的充血水肿，还可以伴有糜烂，严重的时候可以导致溃疡。
这时候的治疗主要可以用一些栓剂，比如美沙拉嗪栓或柳氮磺胺吡啶栓，而且这种用药往往都是长期性，并且需要定期复查肠镜。只有当直肠黏膜完全愈合，才可以停药，否则，如果随便停药可能会导致疾病再次发作。