溃疡性结肠炎的药物治疗主要目的是控制炎症反应，其药物主要分为三大类，具体如下：
第一类，氨基水杨酸制剂，是治疗溃疡性结肠炎的最常用的药物，也是首选药物，主要发挥抗炎作用，适用于轻中型患者，或者是重型经糖皮质激素治疗已经有缓解的维持治疗阶段。这一类药物有一些不良反应，如恶心、呕吐、食欲减退，还可以有头痛、可逆性的男性不育等，这些不良反应主要与剂量有关，停药以后多可缓解。
第二类，糖皮质激素，对于急性发作期有较好的疗效，特别适用于中重型活动期的患者，并且对氨基水杨酸制剂效果不佳的轻中型患者，也可以选用该类药物，这一类药物主要是通过非特异性的抗炎和抑制免疫反应发挥作用，可以口服，也可以静脉滴注，还可以选择灌肠或塞肛。
第三类，免疫抑制剂，主要用于疾病缓解后的维持治疗，对于氨基水杨酸制剂维持治疗无效的，或者对于糖皮质激素产生依赖的患者，可以选择免疫抑制剂治疗，这一类药物应用以后要注意它的副作用，包括骨髓抑制等。