双侧肺动脉栓塞是比较危险的，容易出现呼吸衰竭、心脏骤停而危及生命。当患者完善相关检查，确诊为双侧肺动脉栓塞时，可根据病情考虑溶栓、抗凝、介入或者是手术的治疗。有溶栓适应症时，首选溶栓的治疗，常用的药物包括链激酶、尿激酶等等。
在溶栓的过程中需要注意监测凝血和血小板的变化，患者溶栓后，或者是没有溶栓适应症时，可以考虑抗凝的治疗，临床上常用的抗凝药物包括低分子肝素、华法林、利伐沙班、达比加群等等。在抗凝的过程中需要注意监测凝血的变化，如果患者病情重，也可以考虑介入、手术治疗。