流感疫苗主要有两种：一种是减毒活疫苗；另一种是灭活疫苗。减毒活疫苗常规使用鼻腔喷法接种，发热反应偏低，适用于一般人群，接种后两周开始产生抗体，一个月以后达到高峰，免疫力可以持续6-12个月到，比未接种者高四倍。灭活疫苗适用于减毒活疫苗禁忌者中高度受危险人群，一般第一年皮下注射两针，以后每年加强一针，预防效果通常比未接种者高2-4倍。
由于流感病毒有时常发生变异的特点，使疫苗效果受到一定限制，需要随时随着病毒变异而更新品种。所以流感疫苗效果不稳定，且只能降低发病率，不能控制流行，通常只给部分人注射流感疫苗。