尖锐湿疣常在治疗后的3-6个月复发，特别是在最初的三个月，复发后用同样的治疗仍然有效。尖锐湿疣没有公认的痊愈标准，一般是指治疗之后皮损消失，目前多认为治疗之后六个月没有复发，后期再复发的机会就不大，总的来说尖锐湿疣预后一般比较好，虽然治疗后复发率较高，但通过正确处理最终容易达到临床治愈。
尖锐湿疣治疗目标就是尽早清除肉眼可见的疣体，改善可能有的症状，减少复发，改善精神压力，大多数患者治疗后皮损可以改善或者消退，治疗可能会减少HPV感染，但不会根除感染。如果选择不治疗，尖锐湿疣可能自行消退或保持不变，也可能增多或增大。