尿路结石首发常在肾脏，尿液过度浓缩，尿液结晶的成分在肾脏内形成结石团块。
如果结石较大会在肾盏、肾盂甚至输尿管等地方形成梗阻，而造成肾脏积水、肾盏积水、泌尿系感染等症状。
多数因为饮水量较少、排泄量较多，以及不规则的饮食习惯，包括过度的饮酒特别是啤酒，以及海鲜、动物内脏、猪肝、鸡杂、豆制品过多的摄入或咖啡等刺激性饮料过多的饮用，会导致尿路结石的产生。
还有一部分是因为泌尿系感染而导致的感染性结石，这种情况多发于中老年的男性，主要是排尿功能紊乱造成尿潴留。慢性尿潴留会在膀胱内形成尿液过度结晶，形成膀胱结石。