本病的治疗多主张从早期开始，低组氨酸饮食对本病有一定的疗效。部分患者有临床症状，而有症状与无症状患者之生化改变又无区别。鉴于无症状患者较多，故筛选出后是否需一律采用饮食控制治疗尚有不同意见。
一、一般治疗
1、低组胺酸饮食：以降低血中组胺酸浓度，无明显症状可正常饮食。
2、组胺酸血症患者的个别差异性大，目前对于疾病采取症状治疗，视患者的状况决定是否需要早疗及复健等介入，以帮助其得到良好的预后。
二、药物治疗
酵素替代治疗：将组胺酸酶装入胶囊内，以保护组胺酸酶的活性不被破坏，在invitro的实验中，可以代谢大量的组胺酸，但研究尚未发表结果。
三、手术治疗
暂无明确手术方法进行本病治疗。