结肠炎可分为慢性结肠炎和急性结肠炎，临床上多指慢性结肠炎。如果是急性肠炎，多是细菌感染引起的疾病，可以使用抗生素进行治疗，大多是革兰氏阴性菌感染，可以口服氟哌酸或者黄连素、磷霉素钙等药物。慢性结肠炎多与感染无关，大多属于自身免疫性疾病，造成自身肠道黏膜的损伤。可以使用免疫抑制剂、中医中药进行调理，如柳氮磺嘧啶、美沙拉秦，中药可以选择补脾益肠丸、参苓白术散等药物。也可以使用免疫抑制剂，治疗比较严重的慢性结肠炎，如激素类药物氢化可的松等。